军民分治、司法独立是当时一个时髦的字眼，秦时竹等人鉴于后世地教训，自然而然地会想到分权制约。而首要开刀的就是司法厅。虽然和后勤、军政两厅一样都是撤销，但对司法厅而言意义却大有不同。前面两厅撤销。无非是在政府领域内的消失，他们的使命将由军方设立相应机构予以接受和吸纳，本质上是一个重生地过程，而司法厅撤销。则是对司法总集权的打碎。
在秦时竹看来，既然司法独立，审判、监察、检察、警察各权独立。为什么还要存在司法厅？各权独立，才能有效地牵制和制约，如果有一个横跨其上的司法厅，能对法院、检察院的人事、财政、办公进行指手划脚，司法独立还是保障不了。如果司法厅不能干涉审判、监察、检察、警察各权的工作，那么就没有存在地意义。因此，经过激烈的争论，终于达成了废除司法厅地意见。原辽宁司法厅厅长张根仁转任实业厅厅长。司法厅下属人员打散，充实到各个部门。
各省代表虽然有心里准备。但还是对这样重大的变故有些猝不及防。
林伯渠的疑问比较有代表性，问道：“请问巡阅使，撤销司法厅后，司法系统各部门的人事和财政怎么安排？他们是自成体系还是接受各省都督或者民政长地领导？”
“按照我的认识和西方各国的传统，司法应该是垂直领导，也就是说地方各级地法院院长、检察院院长各自具有独立性，应该由上级法院或检察院任命，而非由司法厅任命。但鉴于北疆目前的实际情况，还不存在让北京的最高法院或大理院领导的必要和条件，让他们来领导，整个法律体系只会更糟糕。”秦时竹说的这一点对大家很有说服力，谁也不想受北京来的瞎指挥。
“因此，与此相适应的应该还有司法准入制，即，要想成为司法人员，首先必须具有相关的法律知识和素质，司法，国之大事，政府不能随随便便地挑选一个人担任法院院长，同理也不能因最高长官地亲疏远近、个人好恶来决定司法机构地人选，司法一定要独立。”众人纷纷赞同。
“将来国家机器完备，下级法院、检察院院长就由上级提名，交本级议会讨论通过，在目前阶段，我看可以这样，各省高级法院、检察院院长由各省民政长提名，交省议会讨论通过，而初级法院（检察院）院长由上级法院院长提名，交各级地方议会通过。”秦时竹语重心长地说道，“司法独立，不仅是在处理普通纠纷中要保持独立，而且在处理政府与人民的纠纷中也要保持独立。政府如果凭借着自己地任命权和财政权任意干涉司法权，卡司法各部门的脖子，司法还是不独立或是伪独立的，对民主一点好处也没有。这个位置，我们一开始就要摆正，虽然废除了司法厅后管理起来、运行起来会有些不习惯甚至麻烦，但为了长远利益考虑，不得不如此。民国刚刚成立，共和政体刚刚实现，这种阵痛我们是能够忍受的，若国家承平日久，各级官员乃至老百姓都习惯了司法机关的附属地位，就积重难返了。那才是悲哀，那样的话，**作风还会大行其道……”
哗啦啦！各省高级法院（检察院）院长对秦时竹的发言报以热烈地鼓掌，这话说到他们心坎上去了。“今后，法院（检察院）院长一旦确认，没有渎职情况，一律不得罢免，罢免权和任命权一样，必须由议会掌握。在财政方面，法院除自身诉讼费用外，一律享受财政拨款，以今年的经费为基础，适当增长，以后各年也不得低于此数，各省财政部门在拨付时必须专门列支，不得拖欠；每年各级议会召开会议，同级法院（检察院）院长必须亲自列席，报告本院工作情况和财政开支，并提请议会通过，以示监督……”
哗啦啦！这下轮到各省议长们鼓掌了，因为这个方案保证了议会对司法的监督权，不至于使司法系统无法无天。
“总之，各项改组的意见很明确。在北疆的政体架构中，我们既要保持三权分立，各自制约和监督，又要保证行政主导，人民主权。中国现在是国家不够发达富强，人民不够幸福，若是把大量的时间浪费在议会的推诿扯皮上，可就得不偿失了……”各省民政长纷纷鼓掌表示赞同----行政主导四个字才符合传统习惯嘛。
“下面请辽宁各厅厅长介绍他们各自的改革方案……”，辽宁是北疆各省之首，一般而言，都是辽宁的经验和模式向其它各省推广。
熊希龄首先发言：“本厅的主要机构是两局，一个是财政总局，负责本省各级政府、各级司法机构和议会的财政开支；另一个是税务总局，负责各项税收的征收和上缴，遵循收支两条线方针，税务总局下又另设两处，一为盐政处，单独负责盐税的征缴，二为海关处，单独负责关税的征缴。在各县设立财政分局和税收分局……鉴于北疆财政委员会也内设在本厅，本厅还负责中国人民银行总行的各项事务，包括货币、债券发行等等，若是要设立保险公司、投资公司等相关金融