得知昆仑奴国虚弱，德楞泰评价，尚不如黑龙江赫哲诸部，且国土肥沃，这让嘉庆一时难以决断。
灭亡浩罕汗国，让嘉庆打开了西迁的道路，如果大周逼迫，且战之不利的情况下，他们还有西迁到浩罕土地上的退路。现在昆仑奴国的情况，也很吸引嘉庆，去了昆仑奴国就不用担忧大周的威胁了，那真是天高皇帝远，存续社稷宗庙易如反掌，可却失去了恢复旧山河的希望。
一时难以决断，加上大周给的时间是五年，这才第二年，他的时间绰绰有余，不用急于一时，于是嘉庆决定两手准备，一边继续派人去昆仑奴国开辟基业，一边继续在伊犁励精图治。
这就是嘉庆，有能力，却没决断。是长期在乾隆阴影下养成的小心翼翼，过于谨慎的性格，后世评价嘉庆是一个“既没有政治胆略又缺乏革新精神，既没有理政才能又缺乏勇于作为品格的平庸天子”。
如果他决定留在中亚继续发展，甚至将来反攻中原，那么他就不能往昆仑奴国派遣太多力量，即便是出于麻痹大周的考虑，也只能尽量减少投入昆仑奴国的资源，而大力发展在中亚的实力。如果他决定远迁昆仑奴国，那就要孤注一掷，全力以赴开辟昆仑奴国基业，不要把力量浪费在中亚方向。
可嘉庆偏偏一边去开拓昆仑奴国，一边还要继续经营伊犁和安集延。
所以他一边按照德楞泰的要求，迅速召集那些去了昆仑奴国的八旗子弟家眷，这需要联系大周，因为许多人的家眷都遗失在北京了，大周曾经承诺，只要他们家人同意，不会扣留她们。
一边继续扩大规模，他打算今年一次派过去四万人，八旗各取五千人。其中男女各半，老幼又占一半，带去的不仅是軍队，还有家庭。并且派一些文官和工匠前去建设。
一边继续在伊犁推行八旗制度，看到八旗制度在中亚竟然拥有极强的效果后，嘉庆顿时觉得老祖宗的制度果然是好制度，其实这种经济落后，社会关系简单的地区确实比较适合八旗这种兵民合一的简单管理方法，结果让已经半只脚踏入棺材板的八旗制度，竟然焕发了新的生机。
参照到回部的管理经验，在浩罕汗国也推行这种制度，将浩罕汗国的牧民们统统划定盟旗牧区，严禁跨界游牧，派都统、将军管理牧民，抽调青壮组建浩罕八旗。
在伊犁境内也彻底推行八旗化，对一直忠于大清的土尔扈特等蒙古部，进行盟旗编制，开始削减当地王公的权力，由朝廷派遣官员直接管理。尽管引来了不满，可现在大清有中兴迹象，不满无法扭转大势。
连在伊犁屯田的那些陕甘乡勇，也编定八旗，宣称把所有民人抬旗，大批乡勇竟然颇为感恩，真的是在满清制度下奴化的太久了，跟他们国内的乡亲在思想上已经完全不一样了。这些乡勇，跟其他从各个地方跟随嘉庆逃到伊犁的绿营一起，抬为汉八旗，设置都统管理。
至此，整个伊犁地区完成了八旗制度化，总共分为了满洲八旗、蒙古八旗，汉八旗、回部八旗和浩罕八旗五种，从此不分民人旗人，嘉庆治下，都是旗人。
连官府机构都八旗化，没有了民人，就不需要汉人的官府管理，所有文官都编入八旗，充任各级旗官，上到都统，下到佐领，都需要忠心官员的管理。这些人能跟着嘉庆到伊犁，尽管后期有些行为乖张，可毕竟忠心，嘉庆念旧情，当然不能不给他们一个前程。
只是过去纯粹的文官，现在成了旗人官职，不但要负责发展生产，还要负责带兵打仗，只要是自己下辖的人丁，几乎什么都要管，户口、田宅、兵籍、诉讼都是一个人管理。这等于一官多用，这也是八旗这种制度之所以在简单社会里更有效的原因，因为他减少了管理层级。
这样的好处，是让管理大大加强，所有丁口都有了当兵的义务，户籍登记也更严格，嘉庆此时才知道，原来他统治下的人口这么少，却又显得不弱，整个伊犁只有一百多万人口，由于大量人口属于败逃的军人，所以男丁远多于其他人口，一百多万人口中，竟然有青壮丁口四十万，比他祖宗当年入关前的丁口还多。
原本的屯田现在也分给了汉八旗人，成为他们的庄田，让他们按亩纳粮，这更让那些从陕甘跟嘉庆来的贫苦乡勇感恩，他们终于有自己的土地了。有了地，也有房子，就差个媳妇了。
正好连续征服回部和浩罕汗国，带来大量丁壮死亡，汉人女子没法从关内引入，这些守寡的，嫁不出去的回部女子、浩罕女子，正好拿来安人心。于是嘉庆下令征集回部、浩罕无人依靠的女子然后分给单身旗丁为妻。这种有组织的征集妇女，然后下发到各旗官员手中统一分配的方式，效率极高，几个月间，基本上所有光棍就脱单了，他们就更是对嘉庆感恩戴德了。
此时八旗制度在生产方面的效率也体现了出来，在复杂社会中，八旗制度是一种束缚，可是在简单的伊犁地区，就大大提高了管理效率，现在不止汉八旗在开荒，其他八旗也纷纷领牌去开荒种地，当然也有继续划定草场放牧的，总之在简单的农牧业社会中，八旗制度让生产规范了，生产力大大提升。
手工生产上，一直就是短板，嘉庆下令把各旗中有手艺的工匠都集中起来，通过办理大量官办作坊的方式，生产布匹、加工皮革、开山挖矿、打造武器，官方能够提